Najprawdopodobniej w katalogu znajdują się pliki ukryte - tzn. plik o nazwie zaczynającej się od znaku kropki lub inne niepuste katalogi.

W ustawieniach programu FTP , za pomocą którego łączymy się z serwerem, należy włączyć podgląd ukrytych plików,
wejść do katalogu, skasować plik zaczynający się od znaku kropki  i ponownie spróbować usunąć katalog.

Przykładem takiego pliku jest:    .htaccess

Programy FTP nie potrafią usunąć z serwera katalogów, w których są pliki (także ukryte) lub inne katalogi, które zawierają pliki.

Cała struktura drzewa katalogów, które chcemy usunąć musi być pusta.